База отдыха «Байкал», как туристическое учреждение Министерства обороны СССР образовано в 1988 году директивой заместителя Министра обороны СССР- начальником тыла Вооруженных Сил.

Первый заезд туристов на военную туристическую базу «Байкал» Забайкальского военного округа состоялся 2 июля 1990 года.

В феврале 2005 года, согласно директивы Генерального штаба Военная туристическая база «Байкал» была переподчинена Федеральному государственному учреждению Министерства обороны Российской Федерации «Управление по активному отдыху» и переименована в филиал ФГУ Минобороны России «Управление по активному отдыху» — «Центр активного отдыха «Байкал»».

Приказом Министра обороны Российской Федерации от 15.12.2010 года № 1805 30 июня 2011 года филиал ФГУ Минобороны России «Управление по активному отдыху» — «Центр активного отдыха «Байкал»» был ликвидирован и на его базе создан филиал федерального государственного учреждения «Санаторно-курортный комплекс «Читинский» Министерства обороны Российской Федерации – База отдыха «Байкал».

Тип государственного учреждения был изменен на бюджетное в соответствии с Федеральным законом от 8 мая 2010 года № 83-ФЗ, а с 20 июня 2012 года филиал был переименован в филиал федерального государственного казенного учреждения «Санаторно-курортный комплекс» «Читинский» Министерства обороны Российской Федерации – База отдыха «Байкал».

В соответствии с Приказом Министра обороны Российской Федерации от 29 декабря 2014 года № 983 с 15 мая 2015 года База отдыха «Байкал» включена в состав Федерального государственного казенного учреждения «Санаторно-курортный комплекс «Дальневосточный» Министерства обороны Российской Федерации.